Hava Kuvvetleri Komutanlığı, YAŞ sonrasında sürpriz istifa ile karşılaştı. Hava Kuvvetleri Komutanlığı Değerlendirme ve Denetleme Başkanı iken Diyarbakır'daki 2'nci Hava Kuvveti Komutanlığı'na atanan Korgeneral Mustafa Çotuksöken görevinden istifa etti.
2007'de korgeneral olan ve rütbe bekleme süresinde 2 yıl daha bulunan Korg. Çotuksöken'in, 1-4 Ağustos'ta yapılan YAŞ'ta alınan kararların henüz mürekkebi dahi kurumadan aldığı sürpriz istifa kararı anlamlı bulundu. Sabah gazetesinin haberine göre; kulislerde, emekliliğini isteyen Korgeneral Çotuksöken'in, kendisine ilişkin YAŞ kararına tepki duyduğu için istifa ettiği yorumları dile getiriliyor.
Çotuksöken'in istifasıyla 2009 yılında Hava Kuvvetleri'nden istifa eden general sayısı 3'e çıktı. Eskişehir 1. Taktik Hava Kuvvet Komutan Yardımcısı Tümgeneral Levent Türkmen ile Hava Harp Okulu Komutanı Hava Pilot Tümgeneral Sinan Şanlı Mayıs 2009'da özel nedenlerden dolayı görevlerinden istifa etmişlerdi. Korgeneral Çotuksöken'in istifasıyla 2003 yılından bu yana TSK'dan istifa eden general ve amiral sayısı ise 11'e çıktı. Son olarak Temmuz 2009'da Deniz Kuvvetleri Komutanlığı Değerlendirme ve Denetleme Başkanı Tümamiral Baha Eren görevinden sürpriz bir şekilde ayrılmıştı. Eren'in YAŞ toplantısına kısa bir süre kala özel yaşamından kaynaklanan nedenlerden dolayı istifa ettiği ortaya çıkmıştı. Baha Eren'in yanı sıra son 6 yılda Genelkurmay Harekat Başkanı Korgeneral Köksal Karabay 2003'te, Tümgeneral Alaettin Parmaksız Konya Personel Okul Komutanlığına atanınca 2004'de, Kara Harp Okulu Komutanı Tümgeneral Reha Taşkesen 2006'da, Hava Tümgeneral Orhan Uğurluoğlu, Hava Tuğgeneral Muzaffer Karaca ile Tuğgeneral Ali Er 2007'de, Şura kararlarına tepki göstermek için Diyarbakır Jandarma Bölge Komutanı Tuğgeneral Celal Çıtak da 2008'de istifa etmişti.
ve büyük harflerle yazılmış yorumlar onaylanmamaktadır.